Осуждения
Московский Революционный Трибунал 
13/12/1922 
Обвинение "сопротивление изъятию церковных ценностей" 
Статья ст.62,119 УК РСФСР 
Приговор 5 лет лишения свободы со строгой изоляцией, конфискацией имущества и поражением в правах на 3 года 
Групповое дело "Московский процесс об изъятии церковных ценностей (II этап), декабрь 1922г." 
К ноябрю следствие по "делу Хотовицкого" завершилось.
В ноябре-декабре 1922 года дело было передано суду
Московского Ревтрибунала. О.Иоанн, как и другие 32 клирика, среди которых
был о.Александр Хотовицкий, обвинялись в распространении воззвания Патриарха Тихона,
в призыве к "массовому и открытому противодействию постановления ВЦИК" и т.п.
Из обвинения о.Иоанна и других священнослужителей:
    "Состоя членами организации, называемой Православной иерархией,... вошли в
     преступное сообщество, организованное представителями высшего духовенства и
     возглавляемое бывшим патриархом Тихоном с целью воспрепятствовать проведению
     в жизнь декрета об изъятии церковных ценностей".

Прокурор просил о применении к о.Иоанну высшей меры наказания — расстрела.
Но суд не удовлетворил просьбу прокурора, и о.Иоанн был приговорен
к 5 годам лишения свободы