Осуждения
Военный Трибунал войск НКВД Ленинградского Военного округа 
15/01/1945 
Обвинение "измена Родине, совместно с насельниками Псково-Печерского монастыря занимались преступной деятельностью в пользу немцев" 
Статья ст.58–1а, 58–2 УК РСФСР 
Приговор 20 лет ИТЛ без права обжалования, с лишение гражданских прав еще на 5 лет и с полной конфискацией имущества 
Архив УФСБ РФ по Псковской обл. Д.АА-10676.
23 августа 1944г. о.Кирилла под спецконвоем доставили в Москву, во внутреннюю
тюрьму НКВД.
7 сентября 1944г. 9-м отделом 2-го Управления НКГБ СССР г.Москвы ему было
предъявлено постановление об аресте и обвинение.
11 сентября с 21 часа до 1 часа ночи он написал первые собственноручные показания.
9 сентября 1944г. в Москве было принято решение об этапировании о.Кирилла Зайца
в Ленинград, куда он был доставлен 29 сентября 1944г.
В Ленинграде о.Кирилл продолжил свои показания о деятельности Миссии.
Следствие в отношении о.Кирилла, которое шло 4 месяца, вели особо жестокими
методами, постоянно устраивали очные ставки, допросы длились в течение четырех
часов, проходили в разное время суток, иногда глубокой ночью.
Протоиерей Кирилл Зайц признал себя виновным.
О.Ливерий Воронов, характеризуя на допросе о.Кирилла Зайца, говорил:
    "Он был человек мягкосердечный и сговорчивый — несколько мягко сказанных
     слов могли заставить его уже через минуту со всем соглашаться, против
     чего он только что негодовал".

В показаниях о.Кирилла Зайца содержится подробный рассказ о структуре Миссии,
ее деятельности и сотрудниках Миссии, о его назначении начальником Миссии,
о связи между немецкими властями и СД с митрополитом Сергием (Воскресенским),
дал показания о материальной помощи Миссии со стороны немецких властей,
о многочисленных циркулярах Миссии, изданных по указанию немецких властей:
О.Кирилл дал показания о деятельности Миссии: введении Закона Божиего в школах,
о крестных ходах и т.п.
Предварительное следствие было закончено 30 декабря 1944г.
11 января 1945г. дело было передано в военную прокуратуру с предъявлением обвинительного
заключения и передачи его к судебному заседанию Военного Трибунала НКВД Ленинградского
округа.
Суд ВТ войск НКВД Ленинградского округа проходил с 11 по 15 января 1945г.
О.Кирилл в свои 75 лет был приговорен к 20 годам ИТЛ, лишению гражданских прав
на пять лет без права обжалования и полной конфискации имущества