Места проживания
Москва 
Год начала 1933 
Год окончания 1941 
После освобождения на прежнюю должность управляющего архивом С.К.Богоявленского
не взяли. Он по-прежнему находился на подозрении как "чуждый марксизму специалист".
11 августа 1934г. было принято постановление Комиссии Советского контроля СНК
о "снятии с него взыскания, наложенного при чистке советского аппарата и освобождении
из ссылки со свободным проживанием в СССР", но полностью реабилитирован он был лишь
30 июля 1989г.
В 1933–1935гг. он работал по договору внештатным сотрудником Комиссии транскрипции
при Главном Картографическом управлении г.Москвы.
В 1935г. С.К.Богоявленский начал работать по договору с Академией Наук, и работы его
регулярно публиковались.
В 1937г. был снова арестован его сын Михаил Сергеевич. По счастью, родным удалось
добиться пересмотра дела, сын был освобожден и получил разрешение на проживание
в Москве.
В 1937г. в СССР стали быть востребованными исторические концепции государственников
и начало поощряться изучение ранних периодов русской истории.
В 1937г. была опубликована работа С.К.Богоявленского "Приказные дьяки XVIII в.",
одним из его выводов было утверждение: из судей и правителей дьяки сделались простыми
исполнителями начальственных распоряжений.
В 1938г. вышла его работа "Вооружение русских войск в XVI-XVII вв.",
в 1939г. — "Материалы по истории калмыков в первой половине XVII в.".
В октябре 1940г. он был зачислен старшим научным сотрудником в штат
института Истории АН СССР, в сектор феодализма.
В 1941г. вышла его работа "Хованщина", где он восстановил фактическую
историю восстания стрельцов. Оценивая восстание стрельцов
через призму "смуты", он подчеркивал, что претензии стрельцов вызывали раздражение
во всех слоях общества.
В 1941г. С.К.Богоявленский стал членом Ученого Совета Института Истории АН СССР.
Ему было доверено участвовать в создании обобщающих трудов института.
В 1941г. Высшая Атестационная Комиссия утвердила его доктором исторических наук
Ташкент 
Год начала 1941 
Во время войны он находился в эвакуации в Ташкенте. Под влиянием знакомства со
Зденеком Неедлой в эвакуации у него возник интерес к истории славянства.
Результатом стали исследования по истории русско-сербских отношений в XVII в.,
частично опубликованные в 1946г.
Москва 
Год окончания 1947 
В 1944г. он был награжден орденом Трудового Красного Знамени, в 1945г. — орденом
Знак Почета.
1 мая 1945г. ему была назначена персональная пенсия.
В 1946г. был опубликован его труд "Приказные судьи XVII в.", материал для которого
накапливался им в течение многих десятилетий. Этой работой С.К.Богоявленский
завершил труд ученых-архивистов нескольких поколений.
В связи с подготовкой к 800-летнему юбилею Москвы у С.К.Богоявленского появилась
надежда опубликовать свои исследования по истории Москвы. В 1947г. вышел его
очерк "Московская Немецкая слобода". Он завершил монографию "Московская Мещанская
слобода в XVII в." (опубликована спустя много лет, в 1980г.).
С.К.Богоявленский уделял большое внимание изучению топографии средневековой Москвы,
работал над планами и картами. Опубликовал статьи "Казенная слобода в 1678–1680гг.",
"Топография Торговых рядов на Красной площади", "Источники для восстановления
топографии Москвы XVII в.". На основе панорамных и геометрических планов
Москвы из писцовых книг, расшифровывая и дополняя графические изображения сведениями,
почерпнутыми из актового материала, он составил сводный план Москвы XVII в.
С.К.Богоявленский внес большой вклад в изучение московского городского жилья
XVII в., опубликовал статьи "Дворовые деревянные постройки в Москве в XVII в.",
"Двор князей Голицыных в Охотном ряду в Москве". Большая часть москвоведческих
наработок С.К.Богоявленского была использована при написании первого тома коллективного
труда "История Москвы", изданного в 1952г., уже после его смерти.
Значителен вклад С.К.Богоявленского в создание фундаментального обобщающего труда
"Очерки истории СССР. Период феодализма, XVII в.", также вышедшего после его кончины
Он подготавливал монографию по истории русско-сербских отношений в XVII в.,
главы из которой были написаны еще в годы войны и частично опубликованы.
Вклад С.К.Богоявленского в изучение истории Москвы гораздо полнее и намного
значимее, чем о том судили при его жизни во время Советской власти.
Москва XVII в. была постоянно в сфере его творчества. Он стремился раскрыть
общеисторический подтекст в конкретных, иногда даже ординарных событиях.
С.К.Богоявленский воспринимал Москву как источник, позволяющий раскрыть органичность
и самобытность русской культуры допетровской Руси.
С.К.Богоявленский не придерживался марксистской точки зрения на историю.
Он остался верен концепции В.О.Ключевского в понимании исторического процесса,
но в отличие от Ключевского, он стремился не к попытке разрешения исторических
проблем, а к реконструкции исторической ткани на основе первоисточников.
Долгая и плодотворная работа в московских архивах приучила его к кропотливому
подбору документов, что стало основой его методики в подготовке научных трудов.
Он оставлял первенство за источником перед теорией.
С.В.Бахрушин, лично хорошо знавший и высоко ценивший С.К.Богоявленского, писал:
   "Он избегал обобщений, не любил гипотез. Но там, где надо было установить факт
    и произвести углубленное его изучение, разъяснить явление, устранить
    необоснованную, мнимо научную легенду, он не имел себе равного".

Методологию С.К.Богоявленского отличают не поиск темы, а поиск нового источника,
комплексность исследовательских подходов, приоритет эрудиции перед логикой.
С.К.Богоявленский существенно расширил и углубил изучение быта и систему
административно-хозяйственного управления торгово-ремесленного посада XVII в.,
того исторического направления, у истоков которого стоял русский историк И.Е.Забелин.
С.К.Богоявленский стал изучать архетип москвича XVII в.,
сосредоточив внимание на земцах-кормильцах, приказных и служилых людях.
Своим творчеством он обеспечил преемственность в развитии русской исторической
науки. Он предварил многое в развитии научной исторической мысли последующих десятилетий
Часть его работ по социально-политической и топографической истории Москвы
долгое время оставалась неопубликованной.
В 1957г. и в 1971г. его сын Михаил Сергеевич передал сохраненные им материалы из архива отца
в Архив РАН (Ф.353.), благодаря чему научное наследие С.К.Богоявленского
в 1974г. стало доступно исследователям.
В 1980г. впервые было опубликовано его монографическое исследование о Мещанской
слободе XVII в., статьи и доклады разных лет.
Написанные на основе архивного материала, труды С.К.Богоявленского не потеряли
своего значения и нередко используются специалистами в качестве источника, как,
например, в "Истории Москвы с древнейших времен до наших дней", изданной в 1997г.
Из очерка о нем М.К.Функа "Знаток московской старины":
      "Настоящий москвич, большой знаток московской старины С.К.Богоявленский был
       беззаветно предан своему родному городу и посвятил служению ему всю жизнь"

Награды
орден Трудового Красного Знамени 
Год награждения 1944 
орден знак Почета 
Год награждения 1945